"萨迦"在藏语中意为"灰白色的土地"，因寺院依托本波山灰白色岩石而建得名。1073 年，吐蕃贵族昆氏后裔昆·贡却杰布在此建寺，逐渐形成萨迦派。

萨迦寺用象征文殊菩萨的红色、象征观音菩萨的白色和象征金刚手菩萨的青色涂抹寺墙，因色彩鲜明绚丽，萨迦派也被俗称为"花教"。