ガンポパ（1079–1153）はソナム・リンチェン（Bsod nams rin chen）として中央チベットのニャル地方の医者の家に生まれた。幼くして医術を学び、名高い治療者となった。妻と子をもうけ、仏教の基礎を備えた在家の実践者として暮らした——十代の頃にはすでにニンマのタントラとカダムの教えを学んでいた。ガンポパという名は、後に寺を建てた山ガンポにちなむ「ガンポの人」を意味する。別名ダクポ・ラジェ（Dwags po lha rje）は「ダクポの医者」を意味する。彼はカギュの「五大祖師」の一人に数えられ、この系譜に僧院の形を与えた祖とされる。

ガンポパが二十代の頃、疫病が妻と二人の子を奪った。臨終に妻は彼に法に全献身するよう頼んだ。彼は二十六歳ごろ、カダム派——インドのマスター阿底峡（Atiśa, 982–1054）からそのチベットの弟子ドロムトゥンパをへて伝わる僧院の伝統——で出家し、『道次第』（lamrim）と戒律に没頭した。しかし伝記によれば、彼は書物の学びの先にいまだ本質があると感じていた。三十二歳ごろ、西チベットの山に綿衣の瑜伽士ミラレパがいると物乞いから聞き、会いに赴いた。そこで受けたものが彼の生涯を変えた。

ミラレパ（1052–1135）はガンポパの器を認め、試したのち、マハームドラーの心髄とナーロパの六法——とりわけ内火（トゥンモ）と心の本性への直接の導入——を伝えた。ガンポパはミラレパのもとに約十三ヶ月留まったが、その短い間に系譜の全伝授が下された。ミラレパは彼を「第二の仏」と呼び、法脈を託したとされる。これがカギュの物語の要である——瑜伽士たちの「口伝の系譜」が、戒律を厳守し学識ある僧の手に渡り、制度として受け継がれることとなった。

ミラレパの没後、ガンポパは中央チベットへ戻り、予言の夢に従い1121年にダクルハ・ガンポ（Daklha Gampo）寺を創建した。彼がなしたことは、純粋な瑜伽の教師にはなし得なかったことだ——ミラレパのマハームドラーの証悟を、カダム派の『道次第』という経典に基づく体系に織り込んだ。その結果生まれた道は両方を尊ぶ——漸次の学びと誓い、と直接の観修の伝承——ものであった。彼の主著『解脱荘厳宝』（dam chos yid bzhin nor bu thar pa rin po che’i rgyan）は、皈依から仏果に至る大乗の道全体をこの統合のしかたで示し、今日もカギュの基幹のテキストである。ガンポパはこうして孤峰の瑜伽士と僧院との橋となった。

ガンポパの四人の主な弟子がカギュの四大派——カルマ・カギュ、バロム・カギュ、パクドゥ・カギュ、ツァルパ・カギュ——を創設し、そこから「四大八小」の諸系譜が分かれた。その門下には第一世カルマパ、ドゥスム・キャンパ（Düsum Khyenpa, 1110–1193）やパクモドゥルパがいた。現存するあらゆるカギュの伝統がこれらの支流をへて流れ出るため、ガンポパは正当にカギュの「構造的な根」と呼ばれる。また彼は慈悲の菩薩観音の化身と尊ばれ、カギュの護佑と慈悲の方向を開祖に結びつけている。彼の「顕密一如」の統合は、今日までこの派を定義する。